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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fg0 | ||||||
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タイトル | LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT COMPLEXED WITH A 13 BP MINIHELIX-PUROMYCIN COMPOUND | ||||||
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![]() | RIBOSOME / ribosome assembly / RNA-RNA / ribozyme / A-site | ||||||
機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. 著者: Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #1: ![]() タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution 著者: Ban, N / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #2: ![]() タイトル: Placement of protein and RNA structures into a 5 A-resolution map of the 50S ribosomal subunit 著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Capel, M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 194851.688 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN V OF 23S RIBOSOMAL RNA / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED CELLS / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 11138.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS 13 BP MINIHELIX MIMICS A TYROSYL-TRNA ACCEPTOR STEM |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6000, KCl, NH4Cl, potassium acetate, MgCl2, CdCl2, Tris-MES. Complex was obtained by crystal soaking in 0.1 mM minihelix-Puromycin, pH 5.8, Back-extraction, vapor diffusion, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: unknown / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→70 Å / Num. all: 447121 / Num. obs: 447121 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.02→3.08 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 2712813 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→70 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 詳細: The structure has been fitted to a 3.0 A resolution experimental map obtained by density modification using heavy atom derived phases and 2Fo(complex)-Fo(parent) amplitudes
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→70 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 70 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |