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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ffr | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CHITINASE A MUTANT Y390F COMPLEXED WITH HEXA-N-ACETYLCHITOHEXAOSE (NAG)6 | |||||||||
![]() | CHITINASE A | |||||||||
![]() | HYDROLASE / TIM BARREL / PROTEIN-OLIGOSACCHARIDE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Papanikolau, Y. / Prag, G. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Oppenheim, A.B. / Petratos, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution structural analyses of mutant chitinase A complexes with substrates provide new insight into the mechanism of catalysis. 著者: Papanikolau, Y. / Prag, G. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Oppenheim, A.B. / Petratos, K. #1: ![]() タイトル: CDE NOVO PURIFICATION SCHEME AND CRYSTALLIZATION CONDITIONS YIELD HIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF CHITINASE A AND ITS COMPLEX WITH THE INHIBITOR ALLOSAMIDIN 著者: Papanikolau, Y. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Petratos, K. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of a bacterial chitinase at 2.3 Angstrom resolution 著者: Perrakis, A. / Tews, I. / Dauter, Z. / Oppenheim, A.B. / Chet, I. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 748.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58623.590 Da / 分子数: 1 / 変異: Y390F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.75 M CITRATE-NA AND 20% (V/V) METHANOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18-20 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月17日 / 詳細: PAIR OF NICKEL MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 68036 / Num. obs: 68036 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 6945 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.18 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EDQ 解像度: 1.8→10 Å / SU B: 2.39 / SU ML: 0.08 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE CLOSE CONTACT LISTED IN REMARK 500 IS DUE TO THE RESULT OF AVERAGING OF TWO CO-EXISTING STRUCTURES WITH UNCLEAVED AND CLEAVED BOND BETWEEN ATOMS O4 AND C1 OF THE SUGAR RESIDUES
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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