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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ffq | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CHITINASE A COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN | |||||||||
![]() | CHITINASE A | |||||||||
![]() | HYDROLASE / glycosyl hydrolase / enzyme-inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Papanikolau, Y. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Petratos, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: De novo purification scheme and crystallization conditions yield high-resolution structures of chitinase A and its complex with the inhibitor allosamidin. 著者: Papanikolau, Y. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Petratos, K. #1: ![]() タイトル: HIGH RESOLUTION STRUCTURAL ANALYSES OF MUTANT CHITINASE A COMPLEXES WITH SUBSTRATES PROVIDE NEW INSIGHT INTO THE MECHANISM OF CATALYSIS 著者: Papanikolau, Y. / Prag, G. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Oppenheim, A.B. / Petratos, K. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of a bacterial chitinase at 2.3 Angstrom resolution 著者: Perrakis, A. / Tews, I. / Dauter, Z. / Oppenheim, A.B. / Chet, I. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 794.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 799.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58639.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-AMI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.75 M Citrate-Na pH 7.2, 20% (v/v) Methanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月14日 / 詳細: PAIR OF NICKEL MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→10 Å / Num. all: 60767 / Num. obs: 60767 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5852 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EDQ 解像度: 1.9→10 Å / SU B: 2.82 / SU ML: 0.08 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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