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- PDB-1ffl: CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO-THYMIDYLATE SYNTHASE R166Q MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE APO-THYMIDYLATE SYNTHASE R166Q MUTANT
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / Fourier Difference Maps / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Sotelo-Mundo, R.R. / Changchien, L. / Maley, F. / Montfort, W.R.
引用
ジャーナル: J.Biochem.Mol.Toxicol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of thymidylate synthase mutant R166Q: Structural basis for the nearly complete loss of catalytic activity.
著者: Sotelo-Mundo, R.R. / Changchien, L. / Maley, F. / Montfort, W.R.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 1999
タイトル: Crystallographic Studies of Thymidylate Synthase : Structure of a Mammalian Enzyme and Analyses of Invariant Non-Catalytic Residues in a Bacterial Enzyme.
著者: Sotelo-Mundo, R.R.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5311
ポリマ－30,5311
非ポリマー00
水18010
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE

A: THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0612
ポリマ－61,0612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y,-z+1/21
Buried area4270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.500, 132.500, 132.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-300-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner.

-
要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 30530.600 Da / 分子数: 1 / 変異: R166Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: BLUESCRIPT PLASMID SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): XAC 25: LACKS HOST THYMIDYLATE SYNTHASE GENE
参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: Ammonium sulfate, potassium phosphate, EDTA, DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Montfort, W.R., (1990) Biochemistry, 29, 6964.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-9 mg/mLprotein1drop
220 mMpotasssium1drop
32.3 Mammonium1drop
4100 mMdUMP1drop
54.78 mMCB37171drop
620 mMpotassium1reservoir
70.1 mMdisodium ethylenediaminetetraacetic acid1reservoir
820 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→35.335 Å / Num. all: 8138 / Num. obs: 8138 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.94→3.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique all: 610 / % possible all: 96
反射
*PLUS
最低解像度: 34 Å / % possible obs: 96 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Fourier Difference Maps
開始モデル: Wildtype Binary Complex of E.coli thymidylate synthase

解像度: 2.94→33.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3374507.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.0001 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 868 10.7 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.171 8390 --
obs0.171 8138 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.17 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 0 10 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 137 10.7 %
Rwork0.258 1147 -
obs--93.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CBX.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.311 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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