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- PDB-1ff3: STRUCTURE OF THE PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE FROM ESCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ff3
タイトルSTRUCTURE OF THE PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / peptide methionine sulfoxide reductase / alpha beta roll / pmsr / msra
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein repair / protein modification process / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / : / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tete-Favier, F. / Cobessi, D. / Boschi-Muller, S. / Azza, S. / Branlant, G. / Aubry, A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli peptide methionine sulphoxide reductase at 1.9 A resolution.
著者: Tete-Favier, F. / Cobessi, D. / Boschi-Muller, S. / Azza, S. / Branlant, G. / Aubry, A.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3117
ポリマ－69,9263
非ポリマー3844
水9,548530
1
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5974
ポリマ－23,3091
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4052
ポリマ－23,3091
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3091
ポリマ－23,3091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE

C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE

A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,62114
ポリマ－139,8536
非ポリマー7698
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_665y+1,-x+y+1,z+1/61
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area6910 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area50300 Å2
手法PISA
5
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,00412
ポリマ－93,2354
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4190 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
6
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9065
ポリマ－46,6182
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.5, 102.5, 292.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細: The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE / PEPTIDE MET(O) REDUCTASE


分子量: 23308.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A744
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.35 M ammonium sulphate, 20 % PEG 8K, Cacodylate buffer 0.1 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Tete-Favier, F., (2000) Acta Crystallogr. D56, 1194.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.35 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 64402 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.235 / % possible all: 65.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 291810
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.218 6375 RANDOM
Rwork0.195 --
obs-63115 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4603 0 20 530 5153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.326
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.33
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / Rfactor Rfree: 0.246 / Num. reflection Rfree: 445 / Rfactor Rwork: 0.214 / Num. reflection Rwork: 3896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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