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- PDB-1few: CRYSTAL STRUCTURE OF SMAC/DIABLO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1few
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SMAC/DIABLO
要素SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASESDiablo homolog
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / Smac / DIABLO / caspase activation / IAP inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway ...activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / ミトコンドリア / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Diablo IAP-binding mitochondrial protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chai, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural and biochemical basis of apoptotic activation by Smac/DIABLO.
著者: Chai, J. / Du, C. / Wu, J.W. / Kyin, S. / Wang, X. / Shi, Y.
履歴
登録2000年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7591
ポリマ－20,7591
非ポリマー00
水0
1
A: SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES

A: SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5182
ポリマ－41,5182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area2210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
2
A: SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES

A: SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5182
ポリマ－41,5182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area2000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.5, 108.5, 70.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 SECOND MITOCHONDRIA-DERIVED ACTIVATOR OF CASPASES / Diablo homolog


分子量: 20759.084 Da / 分子数: 1 / 断片: SMAC/DIABLO / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR28

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Dioxane, Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
220 %(v/v)1,4-dioxane1reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir
410 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99 Å / Num. all: 12907 / Num. obs: 12842 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique all: 1219 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 97019
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 622 -random
Rwork0.245 ---
all0.25 12831 --
obs0.247 11728 91.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1373 0 0 0 1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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