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- PDB-1feo: Solution structure of omega-conotoxin MVIIA with C-terminal Gly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1feo
タイトルSolution structure of omega-conotoxin MVIIA with C-terminal Gly
要素OMEGA-CONOTOXIN MVIIA-GLY
キーワードTOXIN / beta sheet / disulfide knot
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / Conotoxin / Conotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Omega-conotoxin MVIIA
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing in torsion angle space
データ登録者Goldenberg, D.P. / Koehn, R.E. / Gilbert, D.E. / Wagner, G.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of an omega-conotoxin precursor
著者: Goldenberg, D.P. / Koehn, R.E. / Gilbert, D.E. / Wagner, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Folding of omega-conotoxins. 2. Influence of precursor sequences and protein disulfide isomerase
著者: Price-Carter, M. / Gray, W.R. / Goldenberg, D.P.
履歴
登録2000年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA-CONOTOXIN MVIIA-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7091
ポリマ－2,7091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #9closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OMEGA-CONOTOXIN MVIIA-GLY


分子量: 2709.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized sequence based on c-DNA from Conus magus. 15N-labeled sample was produced in Escherichia coli using a synthetic gene.
参照: UniProt: P05484
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
142HNHB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM omega-MVIIA-Gly93% H2O, 7% D20
22 mM omega-MVIIA-Gly U-15N93% H2O, 7% D20
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7501
Bruker AMXBrukerAMX5002
Bruker AMXBrukerAMX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio et al.解析
XEASY1.2Bartels et al.データ解析
DYANA1.3Guntert et al構造決定
DYANA1.3Guntert et al精密化
精密化手法: simulated annealing in torsion angle space / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 249 non-reduncant NOE-derived distance restraints, 9 distance restraints from the three disulfide bonds, 16 distance restraints from hydrogen bonds, 19 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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