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万見
- PDB-1fdt: HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdt
タイトルHUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ESTRADIOL AND NADP+
要素17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE
キーワードDEHYDROGENASE / 17-BETA-HYDROXYSTEROID
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Housset, D. / Breton, R. / Mazza, C. / Fontecilla-Camps, J.-C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The structure of a complex of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase with estradiol and NADP+ identifies two principal targets for the design of inhibitors.
著者: Breton, R. / Housset, D. / Mazza, C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of Human Estrogenic 17 Beta-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase at 2.20 A Resolution
著者: Ghosh, D. / Pletnev, V.Z. / Zhu, D.W. / Wawrzak, Z. / Duax, W.L. / Pangborn, W. / Labrie, F. / Lin, S.X.
履歴
登録1996年6月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0864
ポリマ－34,9741
非ポリマー1,1123
水2,468137
1
A: 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1728
ポリマ－69,9482
非ポリマー2,2246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9360 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.770, 43.790, 60.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

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要素

#1: タンパク質 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE


分子量: 34973.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: R MERGE BETWEEN THE TWO DATA SETS: 0.078
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zhu, D.-W., (1993) J. Mol. Biol., 234, 242.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme1drop
22 mMbeta-octylglucoside1drop
320 %glycerol1drop
4100 mMHEPES1reservoir
5100 mM1reservoirMgCl2
624-26 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 13157 / % possible obs: 73.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.39
反射
*PLUS
Num. measured all: 29073 / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENV. 2.0データ削減
XENGENV. 2.0データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE OCCUPANCY OF RESIDUE 360 (NADP+) HAS BEEN SET TO 0.5, ACCORDING TO ELECTRON DENSITY AND B-FACTOR. THE RIBOSE PUCKER (C2'-ENDO) HAS BEEN CONSTRAINED THROUGH DIHEDRAL CONSTRAINT SPECIFIED IN THE INPUT FILE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 -10 %
Rwork0.193 --
obs0.193 13396 84.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 73 137 2391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.24 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.221 418 -
obs--53 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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