+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fdp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D | ||||||
![]() | PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / COMPLEMENT / FACTOR D / PROFACTOR D / ZYMOGEN / PROENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jing, H. / Macon, K.J. / Moore, D. / Delucas, L.J. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of profactor D activation: from a highly flexible zymogen to a novel self-inhibited serine protease, complement factor D. 著者: Jing, H. / Macon, K.J. / Moore, D. / DeLucas, L.J. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V. #1: ![]() タイトル: Structures of Native and Complexed Complement Factor D: Implications of the Atypical His57 Conformation and Self-Inhibitory Loop in the Regulation of Specific Serine Protease Activity 著者: Jing, H. / Babu, Y.S. / Moore, D. / Kilpatrick, J.M. / Liu, X.-Y. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L. #2: ![]() タイトル: Complement Factor D, a Novel Serine Protease 著者: Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L. #3: ![]() タイトル: Structure of Human Factor D. A Complement System Protein at 2.0 A Resolution 著者: Narayana, S.V.L. / Carson, M. / El-Kabbani, O. / Kilpatrick, J.M. / Moore, D. / Chen, X. / Bugg, C.E. / Volanakis, J.E. / Delucas, L.J. #4: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Studies on Human Complement Profactor D 著者: Narayana, S.V.L. / Yamauchi, Y. / Macon, K.J. / Moore, D. / Delucas, L.J. / Volanakis, J.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 140.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dsuS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25146.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00746, complement factor D #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CHYMOTRYPS | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 43713 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 93825 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: CORE REGION OF FACTOR D (1DSU MOLECULE B) 解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED WITH NCS AVERAGE PHASES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|