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- PDB-1fdp: PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdp
タイトルPROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D
要素PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / COMPLEMENT / FACTOR D / PROFACTOR D / ZYMOGEN / PROENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jing, H. / Macon, K.J. / Moore, D. / Delucas, L.J. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Structural basis of profactor D activation: from a highly flexible zymogen to a novel self-inhibited serine protease, complement factor D.
著者: Jing, H. / Macon, K.J. / Moore, D. / DeLucas, L.J. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structures of Native and Complexed Complement Factor D: Implications of the Atypical His57 Conformation and Self-Inhibitory Loop in the Regulation of Specific Serine Protease Activity
著者: Jing, H. / Babu, Y.S. / Moore, D. / Kilpatrick, J.M. / Liu, X.-Y. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Complement Factor D, a Novel Serine Protease
著者: Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.L.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Human Factor D. A Complement System Protein at 2.0 A Resolution
著者: Narayana, S.V.L. / Carson, M. / El-Kabbani, O. / Kilpatrick, J.M. / Moore, D. / Chen, X. / Bugg, C.E. / Volanakis, J.E. / Delucas, L.J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies on Human Complement Profactor D
著者: Narayana, S.V.L. / Yamauchi, Y. / Macon, K.J. / Moore, D. / Delucas, L.J. / Volanakis, J.E.
履歴
登録1998年12月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D
B: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D
C: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D
D: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5874
ポリマ－100,5874
非ポリマー00
水11,367631
1
A: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1471
ポリマ－25,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.050, 70.320, 86.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99994, -0.001379, 0.010893), (0.003579, 0.978835, -0.204619), (-0.01038, 0.204646, 0.978781)-8.534, 1.335, 43.1231
2given(-0.999994, -0.000812, -0.003385), (0.000171, -0.982728, 0.185055), (-0.003477, 0.185053, 0.982722)23.146, 32.3961, 28.4763
3given(-0.999827, -0.018451, -0.002494), (0.018433, -0.999804, 0.007156), (-0.002626, 0.007109, 0.999971)32.5385, 33.1221, -13.6664

-
要素

#1: タンパク質
PROENZYME OF COMPLEMENT FACTOR D


分子量: 25146.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: ACNPV / Cell (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHYMOTRYPSINOGEN NUMBERING IS USED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000 AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.1 M1dropNaCl
410-12 %PEG60001reservoir
530 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 43713 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 93825
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CORE REGION OF FACTOR D (1DSU MOLECULE B)

1dsu


解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 4399 10 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 43713 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6133 0 0 631 6764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.41
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED WITH NCS AVERAGE PHASES
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 533 10 %
Rwork0.279 4587 -
obs--92.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.41
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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