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万見
- PDB-1fd9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fd9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN (MIP) A MAJOR VIRULENCE FACTOR FROM LEGIONELLA PNEUMOPHILA
要素PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN)
キーワードISOMERASE / FKBP DOMAIN / LONG ALPHA HELIX / DIMERISATION VIA HELICAL INTERACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / protein folding
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ...Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein MIP / Outer membrane protein MIP
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Riboldi-Tunnicliffe, A. / Jessen, S. / Konig, B. / Rahfeld, J. / Hacker, J. / Fischer, G. / Hilgenfeld, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Mip, a prolylisomerase from Legionella pneumophila
著者: Riboldi-Tunnicliffe, A. / Konig, B. / Jessen, S. / Weiss, M.S. / Rahfeld, J. / Hacker, J. / Fischer, G. / Hilgenfeld, R.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1992
タイトル: Mip protein of Legionella pneumophila exhibits peptidyl-prolyl-cis/trans isomerase (PPlase) activity.
著者: Fischer, G. / Bang, H. / Ludwig, B. / Mann, K. / Hacker, J.
#2: ジャーナル: FEMS Microbiol.Rev. / 年: 1994
タイトル: Characterization of Mip proteins of Legionella pneumophila.
著者: Ludwig, B. / Rahfeld, J. / Schmidt, B. / Mann, K. / Wintermeyer, E. / Fischer, G. / Hacker, J.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Small angle X-ray solution scattering study on the dimerization of the FKBP25mem from Legionella pneumophila
著者: Schmidt, B. / Konig, S. / Svergun, D. / Volkov, V. / Fischer, G. / Koch, M.H.
履歴
登録2000年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0003
ポリマ－22,8691
非ポリマー1312
水1,72996
1
A: PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0006
ポリマ－45,7382
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3900 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.750, 80.750, 103.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MACROPHAGE INFECTIVITY POTENTIATOR PROTEIN) / MIP / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / PPIASE / ROTAMASE


分子量: 22869.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
プラスミド: PBLL106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69059, UniProt: Q5ZXE0*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8,000, zinc acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMMES1reservoirpH6.1-6.5
215-20 %(w/v)PEG80001reservoir
3500 mMzinc acetate1reservoir
410 mg/mlprotein1drop
520 mMHEPES1droppH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.279
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.279 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→22.4 Å / Num. obs: 13545 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.58 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.41→2.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 88.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.41 Å / 最低解像度: 22.4 Å / Num. obs: 10976 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Num. measured all: 52836 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.69 Å / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.41→22.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1089 8 %RANDOM
Rwork0.2302 ---
obs0.2302 13545 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 84.82 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10 Å20 Å20 Å2
2--10 Å20 Å2
3----20 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→22.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 2 96 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 161 8.1 %
Rwork0.257 1833 -
obs--88.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_NEW.IONTOPH_NEW.ION
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.41 Å / 最低解像度: 22.4 Å / Num. reflection obs: 13169 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 1055 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.2805
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.292.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.303 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor Rwork: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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