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- PDB-1fd5: BINDING OF A MACROCYCLIC BISACRIDINE AND AMETANTRONE TO CGTACG IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fd5
タイトルBINDING OF A MACROCYCLIC BISACRIDINE AND AMETANTRONE TO CGTACG INVOLVES SIMILAR UNUSUAL INTERCALATION PLATFORMS (BISACRIDINE COMPLEX)
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / High resolution crystal structure / intercalation platform / MAD / anticancer drug / drug-DNA complex / metal ions / tertiary base pairs
機能・相同性MACROCYCLIC-BIS-9-AMINO-ACRIDINE / : / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Yang, X.-L. / Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Binding of a macrocyclic bisacridine and ametantrone to CGTACG involves similar unusual intercalation platforms.
著者: Yang, X.L. / Robinson, H. / Gao, Y.G. / Wang, A.H.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5806
ポリマ－3,6182
非ポリマー9614
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.584, 54.038, 40.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-22-

CO

21B-23-

MG

31A-134-

HOH

41B-102-

HOH

51B-149-

HOH

61B-158-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA moleclue
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / 詳細: synthetic compound
#3: 化合物 ChemComp-B9A / MACROCYCLIC-BIS-9-AMINO-ACRIDINE


分子量: 819.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H58N8O2S2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, sodium cacodylate buffer, magnesium chloride, cobalt chloride, spermine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.3 mMDNA1dropsingle strand
21.3 mMdrug1dropbisacridine or ametantrone
340 mMsodium cacodylate1drop
410 mM1dropMgCl2
51 mM1dropCoCl2
63 mMspermine1drop
74 %MPD1drop
850 %MPD1reservoir30ml

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.7251, 0.9199, 0.9200,0.8856
シンクロトロンAPS 19-ID2
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD1999年8月28日
CUSTOM-MADE2CCD2000年2月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.72511
20.91991
30.921
40.88561
反射解像度: 1.1→100 Å / Num. all: 196823 / Num. obs: 196823 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Num. unique all: 1293 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 13377 / Num. measured all: 196823

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.1→10 Å / σ(F): 4 / σ(I): 2
立体化学のターゲット値: G.PARKINSON, J.VOJTECHOVSKY, L.CLOWNEY, A.T.BRUNGER, H.M.BERMAN
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.203 544 random
Rwork0.163 --
obs0.168 10911 -
all-12702 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 225 28 65 318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(I): 2 / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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