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- PDB-1fd4: HUMAN BETA-DEFENSIN 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fd4
タイトルHUMAN BETA-DEFENSIN 2
要素BETA-DEFENSIN 2
キーワードANTIMICROBIAL PEPTIDE / DEFENSIN / HUMAN BETA-DEFENSIN 2 / BETA-DEFENSIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / antifungal innate immune response / chemoattractant activity / defense response to fungus / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell chemotaxis / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / Defensins / antifungal innate immune response / chemoattractant activity / defense response to fungus / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell chemotaxis / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A / Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A / Beta defensin type / Beta defensin / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hoover, D.M. / Lubkowski, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The structure of human beta-defensin-2 shows evidence of higher order oligomerization.
著者: Hoover, D.M. / Rajashankar, K.R. / Blumenthal, R. / Puri, A. / Oppenheim, J.J. / Chertov, O. / Lubkowski, J.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-DEFENSIN 2
B: BETA-DEFENSIN 2
C: BETA-DEFENSIN 2
D: BETA-DEFENSIN 2
E: BETA-DEFENSIN 2
F: BETA-DEFENSIN 2
G: BETA-DEFENSIN 2
H: BETA-DEFENSIN 2
I: BETA-DEFENSIN 2
J: BETA-DEFENSIN 2
K: BETA-DEFENSIN 2
L: BETA-DEFENSIN 2
M: BETA-DEFENSIN 2
N: BETA-DEFENSIN 2
O: BETA-DEFENSIN 2
P: BETA-DEFENSIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,95721
ポリマ－69,47616
非ポリマー4805
水14,520806
1
A: BETA-DEFENSIN 2
B: BETA-DEFENSIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7813
ポリマ－8,6852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area4830 Å2
手法PISA
2
C: BETA-DEFENSIN 2
D: BETA-DEFENSIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6852
ポリマ－8,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4890 Å2
手法PISA
3
E: BETA-DEFENSIN 2
F: BETA-DEFENSIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7813
ポリマ－8,6852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4650 Å2
手法PISA
4
G: BETA-DEFENSIN 2
H: BETA-DEFENSIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6852
ポリマ－8,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
5
I: BETA-DEFENSIN 2
J: BETA-DEFENSIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8774
ポリマ－8,6852
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4710 Å2
手法PISA
6
K: BETA-DEFENSIN 2
L: BETA-DEFENSIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6852
ポリマ－8,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
7
M: BETA-DEFENSIN 2
N: BETA-DEFENSIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7813
ポリマ－8,6852
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area4860 Å2
手法PISA
8
O: BETA-DEFENSIN 2
P: BETA-DEFENSIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6852
ポリマ－8,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.525, 79.950, 74.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
BETA-DEFENSIN 2 / HBD-2 / SKIN-ANTIMICROBIAL PEPTIDE 1


分子量: 4342.271 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN HUMANS (HOMO SAPIENS)
参照: UniProt: O15263
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, tris, lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
結晶化
*PLUS
詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG40001reservoir
20.066 MTris-HCl1reservoir
30.133 M1reservoirLi2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 65644 / Num. obs: 65644 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Num. measured all: 165583
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN BETA-DEFESIN-2

解像度: 1.7→30 Å / Num. parameters: 2327 / Num. restraintsaints: 2138 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 6512 11 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
all0.1876 57662 --
obs0.1876 57662 85.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5615
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4979 0 25 814 5818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.444
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 11 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.444
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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