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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fcx | ||||||
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タイトル | ISOTYPE SELECTIVITY OF THE HUMAN RETINOIC ACID NUCLEAR RECEPTOR HRAR: THE COMPLEX WITH THE RARGAMMA-SELECTIVE RETINOID BMS184394 | ||||||
![]() | RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA-1 | ||||||
![]() | GENE REGULATION / isotype selectivity / retinoid ligand complexes / drug design / antiparallel alpha-helical sandwich fold / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() Harderian gland development / regulation of myeloid cell differentiation / growth plate cartilage chondrocyte growth / trachea cartilage development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / glandular epithelial cell development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / nuclear glucocorticoid receptor binding / prostate gland epithelium morphogenesis ...Harderian gland development / regulation of myeloid cell differentiation / growth plate cartilage chondrocyte growth / trachea cartilage development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / glandular epithelial cell development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / nuclear glucocorticoid receptor binding / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / regulation of cell size / face development / retinoic acid receptor signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / cellular response to retinoic acid / response to retinoic acid / negative regulation of stem cell proliferation / hormone-mediated signaling pathway / stem cell proliferation / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / multicellular organism growth / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klaholz, B.P. / Mitschler, A. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for isotype selectivity of the human retinoic acid nuclear receptor. 著者: Klaholz, B.P. / Mitschler, A. / Moras, D. #1: ![]() タイトル: Enantiomer discrimination illustrated by high-resolution crystal structures of the human nuclear receptor hRARgamma. 著者: Klaholz, B.P. / Mitschler, A. / Belema, M. / Zusi, C. / Moras, D. #2: ![]() タイトル: Conformational adaptation of agonists to the human nuclear receptor hRARgamma. 著者: Klaholz, B.P. / Renaud, J.-P. / Mitschler, A. / Zusi, C. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of the RARgamma ligand-binding domain bound to all-trans retinoic acid. 著者: Renaud, J.-P. / Rochel, N. / Ruff, M. / Vivat, V. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 897 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 900 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26535.070 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH BMS184394, RESIDUE 184 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-184 / |
#3: 糖 | ChemComp-LMU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8345 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→20 Å / Num. all: 49002 / Num. obs: 49002 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.59 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique all: 2411 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 225124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FCY 解像度: 1.47→6 Å / Num. parameters: 20440 / Num. restraintsaints: 24981 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 2.0%
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 1936 / Occupancy sum non hydrogen: 2205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.123 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.185 |