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万見
- PDB-1fc8: NMR SOLUTION STRUCTURE OF A CHIMERIC OLIGONUCLEOTIDE HAIRPIN R(GG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fc8
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF A CHIMERIC OLIGONUCLEOTIDE HAIRPIN R(GGAC)D(TTCG)2'F-A(GTCC)
要素5'-R(*GP*GP*AP*CP)D(*TP*TP*CP*GP*(GFL)P*(TAF)P*(CFL)P*(CFL))-3'
キーワードRNA/DNA CHIMERA / 2'F-ARABINONUCLEIC ACID / RNA / DNA / HYBRID DUPLEX / HAIRPIN / RNA-DNA CHIMERA COMPLEX
機能・相同性DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing
データ登録者Trempe, J.-F. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: NMR solution structure of an oligonucleotide hairpin with a 2'F-ANA/RNA stem: implications for RNase H specificity toward DNA/RNA hybrid duplexes.
著者: Trempe, J.F. / Wilds, C.J. / Denisov, A.Y. / Pon, R.T. / Damha, M.J. / Gehring, K.
履歴
登録2000年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*AP*CP)D(*TP*TP*CP*GP*(GFL)P*(TAF)P*(CFL)P*(CFL))-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7901
ポリマ－3,7901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 5RMSD FROM AVERAGE LOWER THAN 0.7 ANGSTROM
代表モデルモデル #3closest to the average

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド 5'-R(*GP*GP*AP*CP)D(*TP*TP*CP*GP*(GFL)P*(TAF)P*(CFL)P*(CFL))-3' / RNA/2'F-ANA HAIRPIN


分子量: 3790.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SOLID PHASE SYNTHESIS; PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
132DQF-COSY
1422D 1H-13C HMQC
1522D 1H-31P HETCOR
1622D 1H-19F HETCOR
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM Oligonucleotide hairpin; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM Oligonucleotide hairpin; D2OD2O
試料状態イオン強度: 0.066 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX4002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.843BRUNGER構造決定
X-PLOR3.843BRUNGER精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SA at 15000K for 15 psec from random coordinates. Refinement from lower energy structure at 3000K fro 9 psec. 5 structures generated. Total of 305 restraints: 98 intraresidue NOE-derived ...詳細: SA at 15000K for 15 psec from random coordinates. Refinement from lower energy structure at 3000K fro 9 psec. 5 structures generated. Total of 305 restraints: 98 intraresidue NOE-derived distance constraints, 94 sequential NOE-derived distance constraints, 3 long range NOE-derived distance constraints, 15 distance restraints from hydrogen bonds, 91 dihedral angle restraints, 4 planarity constraints for base pairs
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RMSD FROM AVERAGE LOWER THAN 0.7 ANGSTROM
計算したコンフォーマーの数: 5 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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