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- PDB-1hzn: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE THIRD EXTRACELLULAR LOOP OF THE CHO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzn
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE THIRD EXTRACELLULAR LOOP OF THE CHOLECYSTOKININ A RECEPTOR
要素CHOLECYSTOKININ TYPE A RECEPTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE-GROWTH FACTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / peptide hormone binding / cellular response to hormone stimulus / forebrain development / axonogenesis / Peptide ligand-binding receptors / neuron migration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / peptide hormone binding / cellular response to hormone stimulus / forebrain development / axonogenesis / Peptide ligand-binding receptors / neuron migration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholecystokinin receptor type A
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Metric matrix DG calculations, NOE-restrained MD simulations in a water, decane simulation cell
データ登録者Giragossian, C. / Mierke, D.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Intermolecular interactions between cholecystokinin-8 and the third extracellular loop of the cholecystokinin A receptor.
著者: Giragossian, C. / Mierke, D.F.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLECYSTOKININ TYPE A RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2551
ポリマ－3,2551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CHOLECYSTOKININ TYPE A RECEPTOR / CCK-A RECEPTOR


分子量: 3254.699 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 329-357 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized using Solid-phase synthesis
参照: UniProt: P32238
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY,ROESY,COSY,TOCSY

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試料調製

詳細内容: Peptides, DPC
試料状態pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
HOMEWRITTEN METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRYMIERKE, D.F.精密化
MOLECULAR DYNAMICS with GROMACSBERENDSEN, H.J.C.精密化
HOMEWRITTEN DG構造決定
GROMACS-MD構造決定
精密化手法: Metric matrix DG calculations, NOE-restrained MD simulations in a water, decane simulation cell
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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