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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fa9 | ||||||
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タイトル | HUMAN LIVER GLYCOGEN PHOSPHORYLASE A COMPLEXED WITH AMP | ||||||
![]() | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE, LIVER FORM | ||||||
![]() | TRANSFERASE / protein-ligand complex / allosteric protein / phosphorylated protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() vitamin binding / purine nucleobase binding / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / D-glucose binding / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / bile acid binding ...vitamin binding / purine nucleobase binding / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / D-glucose binding / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / bile acid binding / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / glycogen metabolic process / AMP binding / necroptotic process / response to bacterium / pyridoxal phosphate binding / glucose homeostasis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rath, V.L. / Ammirati, M. / LeMotte, P.K. / Fennell, K.F. / Mansour, M.N. / Danley, D.E. / Hynes, T.R. / Schulte, G.K. / Wasilko, D.J. / Pandit, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation of human liver glycogen phosphorylase by alteration of the secondary structure and packing of the catalytic core. 著者: Rath, V.L. / Ammirati, M. / LeMotte, P.K. / Fennell, K.F. / Mansour, M.N. / Danley, D.E. / Hynes, T.R. / Schulte, G.K. / Wasilko, D.J. / Pandit, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 836.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 865.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97225.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Peg 8000, Tris/HCl, AMP, glucose, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 44772 / Num. obs: 43732 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / % possible all: 91.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 53400 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GPA 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.42 Å / Rfactor Rfree: 0.476 / Rfactor Rwork: 0.353 | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.476 / Rfactor Rwork: 0.353 / Rfactor obs: 0.353 |