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- PDB-1fa2: CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-AMYLASE FROM SWEET POTATO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fa2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETA-AMYLASE FROM SWEET POTATO
要素BETA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 14B, plant / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-maltose / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Beta-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Ipomoea batatas (サツマイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lee, B.I. / Cheong, C.G. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystallization, molecular replacement solution, and refinement of tetrameric beta-amylase from sweet potato.
著者: Cheong, C.G. / Eom, S.H. / Chang, C. / Shin, D.H. / Song, H.K. / Min, K. / Moon, J.H. / Kim, K.K. / Hwang, K.Y. / Suh, S.W.
履歴
登録2000年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5163
ポリマ－56,0351
非ポリマー4812
水2,486138
1
A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子

A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子

A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子

A: BETA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,06412
ポリマ－224,1414
非ポリマー1,9228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)129.630, 129.630, 68.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 BETA-AMYLASE


分子量: 56035.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ipomoea batatas (サツマイモ) / 参照: UniProt: P10537, beta-amylase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-beta-D-arabino-hexopyranose / 2-deoxy-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2-deoxy-maltose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% Polyethyleneglycol 1500, 50 mM CaCl2, 150 mM sodium 4-touene sulfonate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.06 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
41 mM2-mercaptoethanol1drop
50.1 mMEDTA1drop
620 %(w/v)PEG15001reservoir
750 mM1reservoirCaCl2
80.02 %(w/v)sodium 4-toluene sulfonate1reservoir
91 mMDL-dithithreitol1reservoir
100.02 %(w/v)1reservoirNaN3
1120 mMmaltose1reservoir
12100 mMPIPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 35046 / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
WEISデータ削減
WEISデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.3→91.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2396715.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2336 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 23268 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.34 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.33 Å20 Å20 Å2
2---12.33 Å20 Å2
3---24.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→91.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3908 0 30 138 4076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 289 10.4 %
Rwork0.321 2480 -
obs--63.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DOM.PARDOM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DTT.PARDTT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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