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- PDB-1f9v: CRYSTAL STRUCTURES OF MUTANTS REVEAL A SIGNALLING PATHWAY FOR ACT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f9v
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF MUTANTS REVEAL A SIGNALLING PATHWAY FOR ACTIVATION OF THE KINESIN MOTOR ATPASE
要素KINESIN-LIKE PROTEIN KAR3
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Kar3 / Kinesin-related protein / motor protein / microtubinding proteinbule
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end-directed kinesin ATPase / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle midzone assembly / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / mitotic sister chromatid cohesion / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule ...minus-end-directed kinesin ATPase / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle midzone assembly / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / mitotic sister chromatid cohesion / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / ERAD pathway / regulation of mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / chromosome / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / microtubule / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KAR3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Yun, M. / Zhang, X. / Park, C.G. / Park, H.W. / Endow, S.A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: A structural pathway for activation of the kinesin motor ATPase.
著者: Yun, M. / Zhang, X. / Park, C.G. / Park, H.W. / Endow, S.A.
履歴
登録2000年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN-LIKE PROTEIN KAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7564
ポリマ－38,8781
非ポリマー8793
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.94, 77.37, 47.71
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 105.88, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 KINESIN-LIKE PROTEIN KAR3


分子量: 38877.617 Da / 分子数: 1 / 断片: R598A MUTANT MOTOR DOMAIN / 変異: L383M, R598A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: SACCHAROMYCES CEREVISIAE / プラスミド: PMW174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17119
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, PEG 2000 ME, Ethylen glycol,magnesium chloride, Sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / PH range low: 8 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220-26 %PEG2000 ME1reservoir
30.2 M1reservoirNaCl
450 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 70750 / Num. obs: 70750 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 41.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique all: 3301 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 929216
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.3→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 6767 -RANDOM
Rwork0.2183 ---
all-68893 --
obs-67836 90.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2469 0 55 369 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.215
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.218 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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