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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f9s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PLATELET FACTOR 4 MUTANT 2 | ||||||
![]() | PLATELET FACTOR 4![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage differentiation / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure Comparison of Two Platelet Factor 4 Mutants with the Wild-type Reveals the Epitopes for the Heparin-induced Thrombocytopenia Antibodies 著者: Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chain A,B,C and D obeying approximately P222 symmetry |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 7712.078 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化![]() | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 1000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 10165 / Num. obs: 10165 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique all: 506 / % possible all: 47.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.38→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 407005.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.64 Å2 / ksol: 0.258 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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