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- PDB-1f9n: CRYSTAL STRUCTURE OF AHRC, THE ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f9n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AHRC, THE ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS
要素ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / WINGED-HELIX-TURN-HELIX / ARGININE REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to ornithine / L-arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dennis, C.A. / Glykos, N.M. / Parsons, M.R. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The structure of AhrC, the arginine repressor/activator protein from Bacillus subtilis.
著者: Dennis C, C.A. / Glykos, N.M. / Parsons, M.R. / Phillips, S.E.
履歴
登録2000年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
B: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
C: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
D: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
E: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN
F: ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1276
ポリマ－101,1276
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area42430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.310, 73.860, 138.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a hexamer with 32 symmetry. The hexamer is formed by a dimer of trimers.

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要素

#1: タンパク質
ARGININE REPRESSOR/ACTIVATOR PROTEIN / AHRC


分子量: 16854.479 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17893
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: PEG 4000, ammonium sulphate, phosphate buffer, protease inhibitors (PMSF, TPCK) in isopropanol, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
260 mMammonium sulfate1reservoir
3100 mMphosphate1reservoirpH4.9
43 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 44888 / Num. obs: 28055 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 66.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Num. unique all: 4440 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1409 -random
Rwork0.22 ---
all0.22 44888 --
obs0.22 28055 88.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6869 0 0 240 7109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.87 Å / Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.27 / Num. reflection Rwork: 4440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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