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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f9k | |||||||||
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タイトル | WINGED BEAN ACIDIC LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-ALPHA-D-GALACTOSE | |||||||||
要素 | ACIDIC LECTIN | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / GLYCOSYLATED PROTEIN / H-ANTIGENIC SPECIFICITY / AGGLUTININ | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Psophocarpus tetragonolobus (マメ科) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Manoj, N. / Srinivas, V.R. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Carbohydrate specificity and salt-bridge mediated conformational change in acidic winged bean agglutinin. 著者: Manoj, N. / Srinivas, V.R. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Winged Bean Acidic Lectin 著者: Manoj, N. / Srinivas, V.R. / Satish, B. / Singha, N.C. / Suguna, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f9k.cif.gz | 98.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f9k.ent.gz | 75.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f9k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f9k_validation.pdf.gz | 965.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f9k_full_validation.pdf.gz | 975.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f9k_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f9k_validation.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.919856, -0.075705, -0.384881), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26390.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科) / 器官: LEGUMINOUS SEEDS / 参照: GenBank: 6018681, UniProt: Q9SM56*PLUS |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-AMG / | |
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-非ポリマー , 3種, 45分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.2 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY BATCH METHOD BY MIXING 35 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 25 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 0.02 M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.2, CONTAINING 0.15 M SODIUM CHLORIDE, 0.025 ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY BATCH METHOD BY MIXING 35 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 25 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 0.02 M PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.2, CONTAINING 0.15 M SODIUM CHLORIDE, 0.025 (W/V) SODIUM NITRITE, 20 TIMES MOLAR EXCESS OF METHYL-ALPHA-D-GALACTOSE WITH 23 MICROLITRES OF 30% PEG4000 SOLUTION IN THE SAME BUFFER. PEG4000, Sodium Phosphate, sodium chloride, sodium azide, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: Manoj, N., (1999) Acta Crystallogr., D55, 564. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→28 Å / Num. all: 47085 / Num. obs: 11152 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique all: 1115 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 47085 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.442 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WINGED BEAN BASIC LECTIN 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 224886.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.83 Å2 / ksol: 0.2458 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.2 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.332 / % reflection Rfree: 7.8 % / Rfactor Rwork: 0.285 |