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万見
- PDB-1f94: THE 0.97 RESOLUTION STRUCTURE OF BUCANDIN, A NOVEL TOXIN ISOLATED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f94
タイトルTHE 0.97 RESOLUTION STRUCTURE OF BUCANDIN, A NOVEL TOXIN ISOLATED FROM THE MALAYAN KRAIT
要素BUCANDIN
キーワードTOXIN / three-finger snake presynaptic neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin/toxin-like / Snake toxin and toxin-like protein / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bungarus candidus (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Kuhn, P. / Deacon, A.M. / Comoso, S. / Rajaseger, G. / Kini, R.M. / Uson, I. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: The atomic resolution structure of bucandin, a novel toxin isolated from the Malayan krait, determined by direct methods.
著者: Kuhn, P. / Deacon, A.M. / Comoso, S. / Rajaseger, G. / Kini, R.M. / Uson, I. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2000年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BUCANDIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2931
ポリマ－7,2931
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.970, 22.520, 32.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-183-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BUCANDIN


分子量: 7293.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bungarus candidus (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P81782
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: iso-propanol, ammonium acetate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
230 %2-propanol1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→32 Å / Num. all: 33370 / Num. obs: 33370 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique all: 2329 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 119818
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化解像度: 0.97→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 1636 -5% random (with shelxpro) all reflections included on last refinement cycle
Rwork0.1237 ---
all0.1234 33339 --
obs0.1234 33339 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 0 118 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.26
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 2.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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