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- PDB-1f8f: CRYSTAL STRUCTURE OF BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM ACINETOBAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM ACINETOBACTER CALCOACETICUS
要素BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / nucleotide binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Benzyl alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Beauchamp, J.C. / Gillooly, D. / Warwicker, J. / Fewson, C.A. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Benzyl Alcohol Dehydrogenase from Acinetobacter calcoaceticus
著者: Beauchamp, J.C. / Gillooly, D. / Warwicker, J. / Fewson, C.A. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2000年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0337
ポリマ－39,0011
非ポリマー1,0326
水5,567309
1
A: BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,13228
ポリマ－156,0024
非ポリマー4,13024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area18790 Å2
ΔGint-371 kcal/mol
Surface area47370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.294, 96.985, 103.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BENZYL ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 39000.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59096, EC: 1.1.1.90

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非ポリマー , 5種, 315分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG-MME2000, lithium sulphate, 2,3,4,5,6-pentafluorobenzyl alcohol, sodium acetate, zinc chloride, EDTA, NADH, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.49
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.49 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 21452 / Num. obs: 20575 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Num. unique all: 2047 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Weighted ML refinement with overall anisotropic scaling and bulk solvent correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1044 -random 5%
Rwork0.197 ---
all0.198 21452 --
obs0.198 20575 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 59 309 3039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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