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- PDB-1f80: HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE IN COMPLEX WITH HOLO-(ACYL C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f80
タイトルHOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE IN COMPLEX WITH HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN)
要素
  • ACYL CARRIER PROTEIN
  • HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / 9-strand pseudo beta barrel holo-(acyl carrier protein) acp holo-(acyl carrier protein) synthase acps
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A ...: / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Parris, K.D. / Lin, L. / Tam, A. / Mathew, R. / Hixon, J. / Stahl, M. / Fritz, C.C. / Seehra, J. / Somers, W.S.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of substrate binding to Bacillus subtilis holo-(acyl carrier protein) synthase reveal a novel trimeric arrangement of molecules resulting in three active sites.
著者: Parris, K.D. / Lin, L. / Tam, A. / Mathew, R. / Hixon, J. / Stahl, M. / Fritz, C.C. / Seehra, J. / Somers, W.S.
履歴
登録2000年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_ins_code / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE
B: HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE
C: HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE
D: ACYL CARRIER PROTEIN
E: ACYL CARRIER PROTEIN
F: ACYL CARRIER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1487
ポリマ－68,1256
非ポリマー231
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.458, 122.032, 136.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a trimer of holo-(acyl protein carrier) synthase molecules. This trimer has three active sites and in each of these active sites, a molecule of holo-(acyl carrier protein) is bound.

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要素

#1: タンパク質 HOLO-(ACYL CARRIER PROTEIN) SYNTHASE


分子量: 13508.407 Da / 分子数: 3 / 変異: I2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P96618, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: タンパク質 ACYL CARRIER PROTEIN


分子量: 9200.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80643
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: protein: 50mM Bis-Tris pH 6.4, 100mM sodium chloride, 10mM magnesium chloride, 10mM dithiothreitol Well: 0.15-0.3M potassium formate, 15-23% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein11
20.15-0.3 Mpotassium formate12
315-23 %PEG335012
450 mMBis-Tris11pH6.4
5100 mM11NaCl
610 mM11MgCl2
710 mMdithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 29694 / Num. obs: 270151 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique all: 1396 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 29694 / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 270151
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F7T

1f7t


解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: engh and huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2824 10 %random
Rwork0.222 ---
all0.229 29548 --
obs0.229 28175 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 40.302 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 1 124 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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