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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f7d | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS | ||||||
![]() | POL POLYPROTEIN | ||||||
![]() | Viral protein / hydrolase / Eight stranded beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prasad, G.S. / Stura, E.A. / Elder, J.H. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of feline immunodeficiency virus dUTP pyrophosphatase and its nucleotide complexes in three crystal forms. 著者: Prasad, G.S. / Stura, E.A. / Elder, J.H. / Stout, C.D. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of dUTP Pyrophosphatase from Feline Immunodeficiency Virus 著者: Prasad, G.S. / Stura, E.A. / McRee, D.E. / Laco, G.S. / Hasselkus-Light, C. / Elder, J.H. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 380.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a trimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14730.169 Da / 分子数: 2 / 断片: DUTPASE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / プラスミド: FIV-34TF10 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13% MPEG 5K, 50mM Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 212437 / Num. obs: 55495 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.031 / % possible all: 82.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 212437 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.3 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.4→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 4
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.179 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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