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- PDB-1f7c: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BH DOMAIN FROM GRAF, THE GTPASE REGULATO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f7c
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BH DOMAIN FROM GRAF, THE GTPASE REGULATOR ASSOCIATED WITH FOCAL ADHESION KINASE
要素RHOGAP PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / GAP / GTPase activating protein / Rho GTPase regulator / BH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOA GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOD GTPase cycle ...RHOA GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / mitophagy / GTPase activator activity / phospholipid binding / protein-macromolecule adaptor activity / cytoskeleton / endosome membrane / focal adhesion / signal transduction / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRAF, SH3 domain / : / : / BAR domain of APPL family / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain ...GRAF, SH3 domain / : / : / BAR domain of APPL family / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Variant SH3 domain / Rho GTPase activation protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GTPase-activating protein 26 / Rho GTPase-activating protein 26
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Derewenda, U. / Sheffield, P.J. / Zheng, Y. / Derewenda, Z.S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Structure of the BH domain from graf and its implications for Rho GTPase recognition.
著者: Longenecker, K.L. / Zhang, B. / Derewenda, U. / Sheffield, P.J. / Dauter, Z. / Parsons, J.T. / Zheng, Y. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression, purification and crystallization of a BH domain from the GTPase regulatory protein associated with focal adhesion kinase
著者: Sheffield, P.J. / Derewenda, U. / Taylor, J. / Parsons, T.J. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHOGAP PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4111
ポリマ－26,4111
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.026, 65.026, 91.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

21A-432-

HOH

詳細monomer provides biological activity

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要素

#1: タンパク質 RHOGAP PROTEIN


分子量: 26411.467 Da / 分子数: 1
断片: GTPASE ACTIVATING PROTEIN (GAP) FOR RHO FAMILY GTPASES
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98935, UniProt: Q5ZMW5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, Na HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
220-22 %PEG60001reservoir
3100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 30884 / Num. obs: 9063 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Num. unique all: 866 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
Num. obs: 9020 / Num. measured all: 30884
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 879 9 %Random
Rwork0.205 ---
all-9147 --
obs-9063 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS 0.9 / Bsol: 42.5 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1436 0 0 47 1483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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