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- PDB-1f78: SOLUTION STRUCTURE OF RNASE P RNA (M1 RNA) P4 STEM OLIGORIBONUCLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f78
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RNASE P RNA (M1 RNA) P4 STEM OLIGORIBONUCLEOTIDE COMPLEXED WITH COBALT (III) HEXAMINE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素RNASE P RNA RIBOZYME, P4 DOMAIN
キーワードRNA / RIBONUCLEASE P / RIBOZYME / TRANSFER RNA PROCESSING / P4 STEM / METAL BINDING SITE / METAL COMPLEX / COBALT (III) HEXAMMINE COMPLEX
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics, simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Schmitz, M. / Tinoco Jr., I.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2000
タイトル: Solution structure and metal-ion binding of the P4 element from bacterial RNase P RNA.
著者: Schmitz, M. / Tinoco Jr., I.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNASE P RNA RIBOZYME, P4 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7942
ポリマ－8,6331
非ポリマー1611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNASE P RNA RIBOZYME, P4 DOMAIN


分子量: 8633.143 Da / 分子数: 1 / 断片: P4 STEM / 由来タイプ: 合成
詳細: enzymatically synthesized from DNA ologonucleotide template by T7 RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
3332D NOESY
4442D NOESY
252DQF-COSY
26231P-1H-COSY
27213C-1H-HMQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 13C and 31P heteronuclear techniques at natural abundance. Intermolecular NOE crosspeaks between RNA protons and ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 13C and 31P heteronuclear techniques at natural abundance. Intermolecular NOE crosspeaks between RNA protons and cobalt (III) hexammine protons and derived intermolecular distance constraints were used to determine the site of cobalt (III) hexammine binding in the complex structure

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM P4 RNA; 100 mM sodium chloride; 10 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM P4 RNA; 100 mM sodium chloride; 10 mM phosphate buffer; 99.96% D2O99.96% D2O
32 mM P4 RNA; 100 mM sodium chloride; 10 mM magnesium chloride; 10 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
42 mM P4 RNA; 100 mM sodium chloride; 3 mM hexammine cobalt chloride; 10 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM Na 6.5 ambient 288 K
2100 mM Na 6.5 ambient 288 K
3100 mM Na, 10 mM Mg 6.5 ambient 288 K
4100 mM Na, 3 mM Co(NH3)6 6.5 ambient 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Brukercollection
Felix95MSI解析
X-PLOR3.84Brunger構造決定
X-PLOR3.84Brunger精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The average structure is based on superposition of 11 converged structures after refinement. The average RMS deviation between the ensemble and the average structure is 1.7 Angstrom. A total ...詳細: The average structure is based on superposition of 11 converged structures after refinement. The average RMS deviation between the ensemble and the average structure is 1.7 Angstrom. A total of 266 NOE-derived intramolecular distance constraints, 164 dihedral restraint and 48 distance restraints from hydrogen bonds were used in the refinement. 12 NOE derived intermolecular distance constraints were used to localize the bound cobalt (III) hexammine
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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