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- PDB-1f77: STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN H DETERMINED TO 2.4 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f77
タイトルSTAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN H DETERMINED TO 2.4 A RESOLUTION
要素ENTEROTOXIN H
キーワードTOXIN / beta-barrel / beta-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II protein binding / T cell receptor binding / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hakansson, M. / Petersson, K. / Nilsson, H. / Forsberg, G. / Bjork, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of staphylococcal enterotoxin H: implications for binding properties to MHC class II and TcR molecules.
著者: Hakansson, M. / Petersson, K. / Nilsson, H. / Forsberg, G. / Bjork, P. / Antonsson, P. / Svensson, L.A.
履歴
登録2000年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENTEROTOXIN H
B: ENTEROTOXIN H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0339
ポリマ－50,3602
非ポリマー6727
水3,441191
1
A: ENTEROTOXIN H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3723
ポリマ－25,1801
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENTEROTOXIN H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6616
ポリマ－25,1801
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.26, 103.39, 117.14
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENTEROTOXIN H


分子量: 25180.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: PLR16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UL635 / 参照: UniProt: P0A0M0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.3
詳細: 16% PEG 8000, 500 mM Li2SO4, 5 mM CaCl2, pH 4.3, EVAPORATION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
216 %(w/v)PEG80001reservoir
3500 mM1reservoirLi2SO4
45 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 79561 / Num. obs: 23703 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Num. unique all: 2583 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
XDSデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2.4→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1164 -random
Rwork0.214 ---
all-22568 --
obs--95.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3433 0 35 191 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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