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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6k | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-ACETYLNEURAMINATE LYASE FROM HAEMOPHILUS INFLUENZAE: CRYSTAL FORM II | ||||||
![]() | N-ACETYLNEURAMINATE LYASE | ||||||
![]() | LYASE / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Lawrence, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Active site modulation in the N-acetylneuraminate lyase sub-family as revealed by the structure of the inhibitor-complexed Haemophilus influenzae enzyme. 著者: Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / DeGori, R. / Ooi, H.C. / Marcuccio, S.M. / Campi, E.M. / Jackson, W.R. / Brossmer, R. / Sommer, M. / Lawrence, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chains A and C generated by the two-fold. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32561.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKKTAC (VTT BIOTECH, FINLAND) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 78230 / Num. obs: 76295 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique all: 4180 / % possible all: 46.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 263507 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 72677 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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