+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMBINED RIETVELD AND STEREOCHEMICAL RESTRAINT REFINEMENT OF A PROTEIN | ||||||
![]() | MYOGLOBIN (MET) | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / POWDER DIFFRACTION / RIETVELD REFINEMENT / MYOBLOBIN(MET) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 粉末回折 / ![]() | ||||||
![]() | Von Dreele, R.B. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.APPL.CRYSTALLOGR. / 年: 1999 タイトル: Combined Rietveld and Stereochemical Restraint Refinement of a Protein Crystal Structure 著者: Von Dreele, R.B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 24.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 粉末回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.15 % / 解説: SECOND PHASE OF (NH4)2SO4 IN SAMPLE | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: grinding / pH: 6.37 詳細: saturated ammonium sulphate, sodium dihydrogen phosphate, dipotassium phosphate, powder slurry in 1.5mm capillary, 4mm long, pH 6.37, grinding, temperature 300K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: SCINTILLATOR / 日付: 1998年3月20日 / 詳細: 2MM X 8MM BEAM ANALYZER : GE(111) |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
放射波長 | 波長: 1.14991 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.31→47.06 Å / Num. all: 2088 / Num. obs: 2088 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 3.31→47.06 Å / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: Engh & Huber bonds and angles, peptide planes, aromatic planes, minimum van der Waals contacts, H-bond contacts, torsion angle pseudopotentials 詳細: powder pattern Rwp=0.0230, Rp=0.0168, Nobs=4648 powder profile points
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.31→47.06 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: GSAS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_chiral_restr / Dev ideal: 0.153 |