PDB-1f6g: POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FULL-LENGTH FOLD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1f6g

タイトル

POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FULL-LENGTH FOLD

要素

VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL

キーワード

PROTON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / CYTOPLASMIC DOMAINS

機能・相同性

Voltage-gated potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding / pH-gated potassium channel KcsA

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lividans (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Cortes, D.M. / Perozo, E.

引用

ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2001
タイトル: Molecular architecture of full-length KcsA: role of cytoplasmic domains in ion permeation and activation gating.
著者: Cortes, D.M. / Cuello, L.G. / Perozo, E.

履歴

登録	2000年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1f6g.cif.gz	116 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1f6g.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1f6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/1f6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/1f6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bl8
類似構造データ	328 2v5i-1 5xeq-d 3os1-d 2xsa-1 6qio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (6) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL

B: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL

C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL

D: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL

70.1 kDa, 4 ポリマー
Cα原子のみ: ABCD
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 32	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #4	closest to the average

#1: タンパク質	VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL / 座標モデル: Cα原子のみ分子量: 17535.375 Da / 分子数: 4 / 断片: FULL-LENGTH CHANNEL / 変異: CYS SCANNING: 5-24, 120-160 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア) プラスミド: PQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	Power Saturation Experiments in 21% O2 or 10 mM NiEdda
2	2	2	Dipolar couplings derived from underlabeled samples

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using secondary structure assignments from frequency analysis of solvent accessibility data and tertiary and quaternary structural information from spin-spin dipolar couplings

-
試料調製

詳細	内容: 50-100 uM KcsA, PBS pH 7.2, reconstituted into asolectin vesicles at a 1:500 protein:lipid ratio (molar) 溶媒系: 100% H2O
試料状態	イオン強度: 50-100 mM / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker EMX / 製造業者: Bruker / モデル: EMX / 磁場強度: 3400 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
EPR Aquisit	2.32	Bruker Instruments	collection
Discover	3	MSI	構造決定
Discover	3	MSI	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on a total of 438 restraints, with 84 intra-subunit distance constraints per subunit and 15 inter-subunit constraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 32 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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