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- PDB-1f5v: STRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF A FLAVOPROTEIN FROM ES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5v
タイトルSTRUCTURE AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF A FLAVOPROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI THAT REDUCES NITROCOMPOUNDS. ALTERATION OF PYRIDINE NUCLEOTIDE BINDING BY A SINGLE AMINO ACID SUBSTITUTION
要素OXYGEN-INSENSITIVE NADPH NITROREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitroreductase / flavoprotein / Escherichia coli / oxidoreduction / nitrocompound
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kobori, T. / Sasaki, H. / Lee, W.C. / Zenno, S. / Saigo, K. / Murphy, M.E.P. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure and site-directed mutagenesis of a flavoprotein from Escherichia coli that reduces nitrocompounds: alteration of pyridine nucleotide binding by a single amino acid substitution.
著者: Kobori, T. / Sasaki, H. / Lee, W.C. / Zenno, S. / Saigo, K. / Murphy, M.E. / Tanokura, M.
履歴
登録2000年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYGEN-INSENSITIVE NADPH NITROREDUCTASE
B: OXYGEN-INSENSITIVE NADPH NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5784
ポリマ－53,6652
非ポリマー9132
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.560, 52.860, 52.830
Angle α, β, γ (deg.)75.79, 60.71, 61.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold.

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要素

#1: タンパク質 OXYGEN-INSENSITIVE NADPH NITROREDUCTASE


分子量: 26832.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PAJ102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17117, EC: 1.6.99.6
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0539.97
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2811蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.5PEG 6000, MES, sodium hydroxide, PEG 400, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.0K
2812蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.5PEG 6000, MES, sodium hydroxide, PEG 400, dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.0K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
122.5 %PEG60001reservoir
22-15 %PEG4001reservoir
3100 mMMES1reservoir
49 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE
FUJI2IMAGE PLATE1998年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
211
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 41935 / % possible obs: 91.8 % / Rmerge(I) obs: 0.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→7 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.206 -RANDOM
Rwork0.189 --
obs-42534 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 0 62 349 4185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR 3.1, CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.918
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.759

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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