+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE GAMMA HERPESVIRUS CYCLIN COMPLEXED TO HUMAN CYCLIN DEPENDENT KINASE 2 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE / herpesviral cyclin / cyclin dependent kinase. protein-protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes ...cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / cyclin-dependent protein kinase activity / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / telomere maintenance in response to DNA damage / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / cellular response to nitric oxide / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / post-translational protein modification / cyclin binding / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / meiotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Meiotic recombination / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / DNA replication / chromosome, telomeric region / endosome / chromatin remodeling / protein phosphorylation / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Card, G.L. / Knowles, P. / Laman, H. / Jones, N. / McDonald, N.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of a gamma-herpesvirus cyclin-cdk complex. 著者: Card, G.L. / Knowles, P. / Laman, H. / Jones, N. / McDonald, N.Q. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f5q.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1f5q.ent.gz | 178.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f5q_validation.pdf.gz | 390.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1f5q_full_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f5q_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f5q_validation.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 INSECT CELLS 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: タンパク質 | 分子量: 29067.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Rhadinovirus / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P89883 #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 12% propan-2-ol, 5% PEG 4K, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.7817 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7817 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 45057 / Num. obs: 140317 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 48.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→30 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Num. unique all: 6394 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 45057 / Num. measured all: 140317 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|