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万見
- PDB-1f5p: 2.9 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF LAMPREY HEMOGLOBIN THAT HAS BEE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5p
タイトル2.9 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF LAMPREY HEMOGLOBIN THAT HAS BEEN EXPOSED TO CARBON MONOXIDE.
要素HEMOGLOBIN V
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / crystalline ligand transitions / hemoglobin / heme / lamprey / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Heaslet, H.A. / Royer Jr., W.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystalline ligand transitions in lamprey hemoglobin. Structural evidence for the regulation of oxygen affinity.
著者: Heaslet, H.A. / Royer Jr., W.E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The 2.7 Angstrom Crystal Structure of Deoxygentated Hemoglobin from the Sea Lamprey (Petromyzon Marinus): Structural Basis for a Lowered Oxygen Affinity and Bohr Effect.
著者: Heaslet, H.A. / Royer Jr., W.E.
履歴
登録2000年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN V
B: HEMOGLOBIN V
C: HEMOGLOBIN V
D: HEMOGLOBIN V
E: HEMOGLOBIN V
F: HEMOGLOBIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,60518
ポリマ－97,7386
非ポリマー3,86712
水1086
1
A: HEMOGLOBIN V
B: HEMOGLOBIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8686
ポリマ－32,5792
非ポリマー1,2894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HEMOGLOBIN V
D: HEMOGLOBIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8686
ポリマ－32,5792
非ポリマー1,2894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: HEMOGLOBIN V
F: HEMOGLOBIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8686
ポリマ－32,5792
非ポリマー1,2894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.5, 96.2, 145.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The physiologically relevent assembly is a homodimer in which the subunits are related by a twofold axis of symmetry. / A hexameric assembly is observed upon application of crystallographic symmetry operators. The subunits in the hexamer are arranged as one turn of an approximately three-fold screw.

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要素

#1: タンパク質
HEMOGLOBIN V


分子量: 16289.707 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) / 参照: UniProt: P02208
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Crystalline ligand transition experiments.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 296 K / 手法: small tubes / pH: 6.8
詳細: 25% PEG 4K, 170mM phosphate buffer, pH 6.8, SMALL TUBES, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 %PEG400011
2170 mMphosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 59776 / Num. obs: 19804 / % possible obs: 75.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.01 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Num. unique all: 2036 / % possible all: 79.1
反射
*PLUS
Num. obs: 24593 / % possible obs: 93.9 % / Num. measured all: 81837 / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.3 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Simulated annealing, Powell minimization, group B-factor and group occupancy refinements using tight non-crystallographic symmetry restraints (wa=200) on the protein except for residue 73.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1803 -RANDOM
Rwork0.206 ---
all-59776 --
obs-19804 75.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6884 0 270 6 7160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.586
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.064
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 19647 / Num. reflection Rfree: 2168 / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.206 / 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.586
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.064

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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