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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5g | ||||||||||||||||||||
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タイトル | The G7(syn)-G4(anti) structure of r(GCAGGCGUGC)2 | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / GUANINE-GUANINE / GG MISMATCH / CONFORMATIONAL EXCHANGE / BASE FLIPPING / syn GLYCOSIDIC TORSION | 機能・相同性 | RNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / Simulated annealing, Energy minimization | Model type details | minimized average | データ登録者 | Burkard, M.E. / Turner, D.H. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: NMR structures of r(GCAGGCGUGC)2 and determinants of stability for single guanosine-guanosine base pairs 著者: Burkard, M.E. / Turner, D.H. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Thermodyamics of single mismatches in RNA duplexes 著者: Kierzek, R. / Burkard, M.E. / Turner, D.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f5g.cif.gz | 327.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f5g.ent.gz | 274.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f5g_validation.pdf.gz | 335.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f5g_full_validation.pdf.gz | 547.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f5g_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f5g_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3231.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 | 内容: 80 mM NaCl; 10 mM phosphate, pH 7 / 溶媒系: D2O |
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試料状態 | イオン強度: 80 mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 310.15 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing, Energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on 90 NOE distance restraints, 11 hydrogen-bond restraints for Watson-Crick pairs, and loosely restrained torsion angles. G7 was restrained to the syn glycosidic conformation | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy. First model represents the minimized averaged structure 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 26 |