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- PDB-1f51: A TRANSIENT INTERACTION BETWEEN TWO PHOSPHORELAY PROTEINS TRAPPED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f51
タイトルA TRANSIENT INTERACTION BETWEEN TWO PHOSPHORELAY PROTEINS TRAPPED IN A CRYSTAL LATTICE REVEALS THE MECHANISM OF MOLECULAR RECOGNITION AND PHOSPHOTRANSFER IN SINGAL TRANSDUCTION
要素
  • SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
  • SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
キーワードTRANSFERASE / TWO COMPONENT SYSTEM / SINGAL TRANDUCTION / RESPONSE REGULATOR / PHOSPHOTRANSFERASE / SPORULATION / PHOSPHORELAY
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation initiation phosphotransferase B (SpoOB), C-terminal domain / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal domain superfamily / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : ...Sporulation initiation phosphotransferase B (SpoOB), C-terminal domain / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal domain superfamily / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Response regulator / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation initiation phosphotransferase B / Sporulation initiation phosphotransferase F
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zapf, J. / Sen, U. / Madhusudan, M. / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: A transient interaction between two phosphorelay proteins trapped in a crystal lattice reveals the mechanism of molecular recognition and phosphotransfer in signal transduction.
著者: Zapf, J. / Sen, U. / Madhusudan, M. / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
履歴
登録2000年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
B: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
C: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
D: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
E: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
F: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
G: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
H: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,90511
ポリマ－139,8328
非ポリマー733
水00
1
A: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
B: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
E: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
F: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9656
ポリマ－69,9164
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
2
C: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
D: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B
G: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
H: SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9405
ポリマ－69,9164
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.974, 117.774, 170.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE B


分子量: 21382.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET20B
参照: UniProt: P06535, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: タンパク質
SPORULATION INITIATION PHOSPHOTRANSFERASE F


分子量: 13575.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET20B
参照: UniProt: P06628, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化pH: 8.1 / 詳細: 0.5M KCL, 24% PEG2K AND ALF3 AT pH8.1
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlSpo0F1drop
210.3 mg/mlSpo0B1drop
32 mM1dropMgCl2
410 mM1dropAlCl3
530 mM1dropNaF
60.5 M1reservoirKCl
724 %PEG20001reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: PT COATED SI FLAT MIRROR BENT FOR VERTICAL FOCUS
放射モノクロメーター: SI BENT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45 Å / Num. obs: 29914 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 7.6 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 122403 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SRR AND 1IXM

1srr

1ixm


解像度: 3→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 503956.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1368 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.229 26820 88.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.18 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å20 Å2
2--7.09 Å20 Å2
3----5.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9748 0 3 0 9751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 174 4.9 %
Rwork0.309 3367 -
obs--71.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEPTIDE.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.332 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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