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万見
- PDB-1f3w: RECOMBINANT RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f3w
タイトルRECOMBINANT RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE
要素PYRUVATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / pyruvate kinase / recombinant / muscle isozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / PYRUVIC ACID / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wooll, J.O. / Friesen, R.H.E. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural and functional linkages between subunit interfaces in mammalian pyruvate kinase.
著者: Wooll, J.O. / Friesen, R.H. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W.
履歴
登録2000年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE KINASE
B: PYRUVATE KINASE
C: PYRUVATE KINASE
D: PYRUVATE KINASE
E: PYRUVATE KINASE
F: PYRUVATE KINASE
G: PYRUVATE KINASE
H: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,31932
ポリマ－463,8638
非ポリマー1,45724
水00
1
A: PYRUVATE KINASE
B: PYRUVATE KINASE
C: PYRUVATE KINASE
D: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,66016
ポリマ－231,9314
非ポリマー72812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18900 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area69290 Å2
手法PISA
2
E: PYRUVATE KINASE
F: PYRUVATE KINASE
G: PYRUVATE KINASE
H: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,66016
ポリマ－231,9314
非ポリマー72812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19090 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area69110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.0, 105.4, 143.5
Angle α, β, γ (deg.)95.9, 92.8, 111.9
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.815384, 0.257957, -0.518274), (0.375937, -0.444871, -0.812872), (-0.440251, -0.857641, 0.265765)12.1489, 1.0177, 5.6776
2given(-0.374687, -0.870548, -0.318993), (-0.859858, 0.197591, 0.470747), (-0.346778, 0.450671, -0.822582)9.3938, 3.4514, 8.369
3given(0.242431, 0.515617, 0.821807), (0.513428, -0.786921, 0.342269), (0.823176, 0.338962, -0.455506)1.2097, -3.8539, 0.553
4given(0.999885, 0.003586, 0.014713), (0.003624, -0.99999, -0.002571), (0.014704, 0.002624, -0.999888)39.0167, 16.4532, 72.8169
5given(-0.825447, 0.25336, -0.504426), (-0.359776, 0.452452, 0.815995), (0.434969, 0.855042, -0.282322)51.0006, 15.3482, 67.4061
6given(-0.38773, -0.858534, -0.335536), (0.857075, -0.201813, -0.474018), (0.339245, -0.471371, 0.814078)48.5517, 13.0709, 64.7632
7given(0.259154, 0.526749, 0.809552), (-0.527534, 0.779313, -0.338199), (-0.809041, -0.339421, 0.479841)40.108, 20.3208, 72.3321
詳細The biological assembly is a tetramer of homomonomers

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要素

#1: タンパク質
PYRUVATE KINASE


分子量: 57982.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / プラスミド: PRMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID


分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.9 mMsodium pyruvate1drop
21.2 mM1dropMnCl2
30.45 M1dropKCl
430 mMsuccinate adjusted1drop
59-11 %(w/v)PEG80001drop
61.5 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000H / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→52 Å / Num. all: 82732 / Num. obs: 82732 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 9404 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→52 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3699007.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Strict non-crystallographic symmetry followed by eight-fold density averaging
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 8315 10.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.238 82732 --
obs0.238 82732 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.96 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å24.73 Å21.14 Å2
2---0.94 Å22.48 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3958 0 8 0 3966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.092.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 776 9.7 %
Rwork0.366 7204 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION_PARAM.LINK
X-RAY DIFFRACTION4PYR_PAR.LINK
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 52 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.239 / Rfactor Rfree: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 52.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.362 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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