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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f3w | |||||||||
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タイトル | RECOMBINANT RABBIT MUSCLE PYRUVATE KINASE | |||||||||
要素 | PYRUVATE KINASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / pyruvate kinase / recombinant / muscle isozyme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wooll, J.O. / Friesen, R.H.E. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structural and functional linkages between subunit interfaces in mammalian pyruvate kinase. 著者: Wooll, J.O. / Friesen, R.H. / White, M.A. / Watowich, S.J. / Fox, R.O. / Lee, J.C. / Czerwinski, E.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f3w.cif.gz | 759.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f3w.ent.gz | 630.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | The biological assembly is a tetramer of homomonomers |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57982.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / プラスミド: PRMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-PYR / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000, manganese chloride, potassium chloride, sodium pyruvate, succinate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000H / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→52 Å / Num. all: 82732 / Num. obs: 82732 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 9404 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→52 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3699007.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Strict non-crystallographic symmetry followed by eight-fold density averaging
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.96 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→52 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 52 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.239 / Rfactor Rfree: 0.247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 52.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.362 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.366 |