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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f2p | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH L-PHENYLALANINE | ||||||
要素 | AMINOPEPTIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AMINOPEPTIDASE / DOUBLE-ZINC METALLOPROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminopeptidase S / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gilboa, R. / Spungin-Bialik, A. / Wohlfahrt, G. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2001 タイトル: Interactions of Streptomyces griseus aminopeptidase with amino acid reaction products and their implications toward a catalytic mechanism. 著者: Gilboa, R. / Spungin-Bialik, A. / Wohlfahrt, G. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Interactions of Streptomyces griseus Aminopeptidase with a Methionine Product Analogue: a Structural Study at 1.53 A Resolution. 著者: Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Perach, M. / Spungin-Bialik, A. / Lessel, U. / Wohlfahrt, G. / Schomburg, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Inhibition of Streptomyces griseus Aminopeptidase and Effects of Calcium Ions on Catalysis and Binding--Comparisons with the Homologous Enzyme Aeromonas Proteolytica Aminopeptidase. 著者: Papir, G. / Spungin-Bialik, A. / Ben-Meir, D. / Fudim, E. / Gilboa, R. / Greenblatt, H.M. / Shoham, G. / Lessel, U. / Schomburg, D. / Ashkenazi, R. / Blumberg, S. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Streptomyces griseus Aminopeptidase: X-ray Crystallographic Structure at 1.75A Resolution. 著者: Greenblatt, H.M. / Almog, O. / Maras, B. / Spungin-Bialik, A. / Barra, D. / Blumberg, S. / Shoham, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f2p.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f2p.ent.gz | 53.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f2p_validation.pdf.gz | 373.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f2p_full_validation.pdf.gz | 373.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f2p_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f2p_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/1f2p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29750.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE ENZYME IS ISOLATED FROM THE COMMERCIALLY AVAILABLE ENZYME MIXTURE "PRONASE E" 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 参照: UniProt: P80561, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-PHE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG4000, Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48 Å / Num. all: 27246 / Num. obs: 27246 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 8.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Num. unique all: 1361 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→48 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2118221.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.94 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 48 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.186 |