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- PDB-1f2l: CRYSTAL STRUCTURE OF CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2l
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE
要素FRACTALKINE
キーワードCYTOKINE / CHEMOATTRACTANT / Fractalkine / neurotactin
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration ...CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of neuron migration / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / CCR chemokine receptor binding / microglial cell proliferation / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / leukocyte chemotaxis / angiogenesis involved in wound healing / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of cell migration / response to ischemia / cell chemotaxis / cell projection / microglial cell activation / defense response / cell-cell adhesion / positive regulation of neuron projection development / neuron cellular homeostasis / regulation of synaptic plasticity / integrin binding / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION USING SELENOMETHIONINE (SELENIUM) AS ANOMALOUS SCATTERER / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoover, D.M. / Mizoue, L.S. / Handel, T.M. / Lubkowski, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the chemokine domain of fractalkine shows a novel quaternary arrangement.
著者: Hoover, D.M. / Mizoue, L.S. / Handel, T.M. / Lubkowski, J.
履歴
登録2000年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRACTALKINE
B: FRACTALKINE
C: FRACTALKINE
D: FRACTALKINE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6244
ポリマ－34,6244
非ポリマー00
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.473, 110.473, 123.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chains A and D, and from chains B and C

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要素

#1: タンパク質
FRACTALKINE / NEUROTACTIN / CX3C MEMBRANE-ANCHORED CHEMOKINE / SMALL INDUCIBLE CYTOKINE D1


分子量: 8656.017 Da / 分子数: 4 / 断片: CHEMOKINE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78423
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium formate, disodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein1drop
24 Msodium formate1reservoir
3100 mMdisodium citrate1reservoir
4water1reservoir0.010ml

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray1
3MADMx-ray1
4MADMx-ray1
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. all: 345321 / Num. obs: 30366 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 61.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Num. unique all: 15345 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 345321
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION USING SELENOMETHIONINE (SELENIUM) AS ANOMALOUS SCATTERER
解像度: 2→15 Å / Num. parameters: 949 / Num. restraintsaints: 862 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3212 2950 -RANDOM
Rwork0.2377 ---
all0.2375 345321 --
obs0.2375 26629 86.9 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2369
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 0 264 2369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.927
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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