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- PDB-1f2j: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ALDOLASE FROM T. BRUCEI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ALDOLASE FROM T. BRUCEI
要素FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL
キーワードLYASE / BETA BARREL / PTS SIGNAL / ALDOLASE / TRYPANOSOMA / FRUCTOSE 1 / 6 BISPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycosome / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chudzik, D.M. / Michels, P.A. / De Walque, S. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structures of type 2 peroxisomal targeting signals in two trypanosomatid aldolases.
著者: Chudzik, D.M. / Michels, P.A. / de Walque, S. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月6日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9401
ポリマ－40,9401
非ポリマー00
水4,342241
1
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL

A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7604
ポリマ－163,7604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation37_546y+1/2,x-1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation38_556-y+1/2,-x+1/2,-z+3/21
Buried area12680 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area45860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.660, 209.660, 209.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL / FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE


分子量: 40939.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P07752, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.9, 1.9 M ammonium sulfate, 20 mM L-cysteine, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3100 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
5100 mMPMSF1drop
61.9 Mammonium sulfate1reservoir
720 mML-cysteine1reservoir
8100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→84.5 Å / Num. all: 29298 / Num. obs: 479727 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.9→2.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Num. unique all: 5143 / % possible all: 72.1
反射
*PLUS
Num. obs: 29298 / Num. measured all: 479727
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TETRAMERIC RABBIT ALDOLASE (1ADO)

1ado


解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 10000000 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 5960 9.86 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.199 29298 --
obs0.199 59600 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 0 241 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.084
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 638 9.1 %
Rwork0.293 5700 -
obs--99.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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