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- PDB-1f0z: SOLUTION STRUCTURE OF THIS, THE SULFUR CARRIER PROTEIN IN E.COLI ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0z
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THIS, THE SULFUR CARRIER PROTEIN IN E.COLI THIAMIN BIOSYNTHESIS
要素THIS PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ubiquitin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyltransferase complex / thiazole biosynthetic process / sulfurtransferase complex / sulfur carrier activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
ThiS, thiamine-biosynthesis / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfur carrier protein ThiS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Wang, C. / Xi, J. / Begley, T.P. / Nicholson, L.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of ThiS and implications for the evolutionary roots of ubiquitin.
著者: Wang, C. / Xi, J. / Begley, T.P. / Nicholson, L.K.
履歴
登録2000年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIS PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3151
ポリマ－7,3151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 THIS PROTEIN


分子量: 7315.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SULFUR CARRIER PROTEIN / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCLK413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32583

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-separated NOESY
1243D 13C-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
1412D NOESY
152HNHA
162HMQC-J
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM ThiS NA; 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mg/ml pepstatin, 50 microM EDTA, 50 microM chloramphenicol93% H2O/7% D2O
21 mM ThiS U-15N; 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mg/ml pepstatin, 50 microM EDTA, 50 microM chloramphenicol93% H2O/7% D2O
31 mM ThiS U-15N, 13C; 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mg/ml pepstatin, 50 microM EDTA, 50 microM chloramphenicol93% H2O/7% D2O
41 mM ThiS U-15N, 13C; 25 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 5 mg/ml pepstatin, 50 microM EDTA, 50 microM chloramphenicol100% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM sodium phosphate / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVarian Associatescollection
NMRPipe1.7Delaglio解析
PIPP1Delaglioデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 882 restraints, 802 are NOE-derived distance constraints, 64 dihedral angle restraints, 16 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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