+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f0k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE 1.9 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MURG | ||||||
![]() | UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE-N-ACETYLMURAMYL-(PENTAPEPTIDE) PYROPHOSPHORYL-UNDECAPRENOL N-ACETYLGLUCOSAMINE TRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase / undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / UDP-N-acetyl-D-glucosamine:N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol 4-beta-N-acetylglucosaminlytransferase activity / lipid glycosylation / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell cycle / cell division / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ha, S. / Walker, D. / Shi, Y. / Walker, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.9 A crystal structure of Escherichia coli MurG, a membrane-associated glycosyltransferase involved in peptidoglycan biosynthesis. 著者: Ha, S. / Walker, D. / Shi, Y. / Walker, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 113.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39060.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P17443, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NaMES, ammonium sulfate, TritonX-100, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0092 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 65567 / Num. obs: 65567 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 41.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Num. unique all: 6450 / % possible all: 96.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 288150 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→40 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.247 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |