+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ezk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of recombinant tryparedoxin I | ||||||
![]() | TRYPAREDOXIN I | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hofmann, B. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Nogoceke, E. / Montemartini, M. / Singh, M. / Flohe, L. / Hecht, H.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of tryparedoxins revealing interaction with trypanothione. 著者: Hofmann, B. / Budde, H. / Bruns, K. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Montemartini, M. / Nogoceke, E. / Steinert, P. / Wissing, J.B. / Flohe, L. / Hecht, H.J. #1: ![]() タイトル: Sequence, Heterologous Expression and Functional Characterization of Tryparedoxin I from Crithidias fasciculata | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17438.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS-TAG / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, Tris, Mes, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K詳細: Kalisz, H.M., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 696. pH: 8.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→27.5 Å / Num. all: 11980 / Num. obs: 11980 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Num. unique all: 1417 / % possible all: 81.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.069 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.198 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |