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- PDB-1eyq: Chalcone isomerase and naringenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyq
タイトルChalcone isomerase and naringenin
要素CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
キーワードISOMERASE / chalcone isomerase / flavonoid
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NARINGENIN / Chalcone--flavanone isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure and mechanism of the evolutionarily unique plant enzyme chalcone isomerase.
著者: Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録2000年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7279
ポリマ－47,7022
非ポリマー1,0257
水6,882382
1
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4125
ポリマ－23,8511
非ポリマー5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3164
ポリマ－23,8511
非ポリマー4643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,45518
ポリマ－95,4054
非ポリマー2,05014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area9620 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area32660 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
5
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子

A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,82310
ポリマ－47,7022
非ポリマー1,1218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3590 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.624, 88.624, 350.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1 / CHALCONE ISOMERASE 1


分子量: 23851.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28012, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% glycerol, 1.8 M ammonium sulfate, 0.05 M PIPES, 5% ethanol, 2.5 mM naringenin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 302K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein1drop
22.5 mM(2S/2R)-naringenin1reservoir
35 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.7 Å / Num. all: 697121 / Num. obs: 60531 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Num. unique all: 2085 / % possible all: 60.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 697121
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.85→46.7 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2958 -random
Rwork0.237 ---
all-70732 --
obs-60531 85.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 65 382 3667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.019
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 46.7 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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