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- PDB-1exb: STRUCTURE OF THE CYTOPLASMIC BETA SUBUNIT-T1 ASSEMBLY OF VOLTAGE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exb
タイトルSTRUCTURE OF THE CYTOPLASMIC BETA SUBUNIT-T1 ASSEMBLY OF VOLTAGE-DEPENDENT K CHANNELS
要素
  • KV BETA2 PROTEIN
  • POTASSIUM CHANNEL KV1.1
キーワードMETAL TRANSPORT / ion channel / oxidoreductase / beta subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


neuronal signal transduction / pinceau fiber / regulation of action potential / cell communication by electrical coupling / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / membrane repolarization during action potential ...neuronal signal transduction / pinceau fiber / regulation of action potential / cell communication by electrical coupling / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / membrane repolarization during action potential / magnesium ion homeostasis / NADPH oxidation / regulation of muscle contraction / regulation of protein localization to cell surface / axon initial segment / corpus callosum development / paranode region of axon / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / aldo-keto reductase (NADPH) activity / delayed rectifier potassium channel activity / cellular response to magnesium ion / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / anchoring junction / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / optic nerve development / axon development / startle response / action potential / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / neuroblast proliferation / neuronal action potential / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / hippocampus development / postsynaptic density membrane / brain development / protein homooligomerization / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / protein localization / cell junction / presynaptic membrane / cytoplasmic vesicle / perikaryon / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.1 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.1 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 1 / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gulbis, J.M. / Zhou, M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of the cytoplasmic beta subunit-T1 assembly of voltage-dependent K+ channels.
著者: Gulbis, J.M. / Zhou, M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
履歴
登録2000年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月21日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs ..._refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KV BETA2 PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL KV1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3143
ポリマ－49,5692
非ポリマー7451
水4,792266
1
A: KV BETA2 PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL KV1.1
ヘテロ分子

A: KV BETA2 PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL KV1.1
ヘテロ分子

A: KV BETA2 PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL KV1.1
ヘテロ分子

A: KV BETA2 PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL KV1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,25712
ポリマ－198,2758
非ポリマー2,9824
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.725, 100.725, 110.901
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological assembly is a heterooctamer (t1)4(beta)4 constructed by the operation of the crystallographic 4-fold on both chains (A and E)

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要素

#1: タンパク質 KV BETA2 PROTEIN


分子量: 37221.887 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT, RESIDUES 36-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PFASTBAC1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL KV1.1


分子量: 12346.951 Da / 分子数: 1 / 断片: T1 DOMAIN, RESIDUES 27-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PACG2T / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P10499
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: Peg 4000, glycine, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
250 mMglycine1reservoir
36 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 33907 / Num. obs: 33500 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 9689 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 2064 / % possible all: 92.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1647 4.9 %random
Rwork0.215 ---
all0.216 33962 --
obs0.216 33453 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 48 266 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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