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- PDB-1ex4: HIV-1 INTEGRASE CATALYTIC CORE AND C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ex4
タイトルHIV-1 INTEGRASE CATALYTIC CORE AND C-TERMINAL DOMAIN
要素INTEGRASE
キーワードVIRAL PROTEIN / SH3-like domain / nonspecific DNA binding beta sheet / cis-proline
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / SH3 type barrels. / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, J.C.-H. / Krucinski, J. / Miercke, L.J.W. / Finer-Moore, J.S. / Tang, A.H. / Leavitt, A.D. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
著者: Chen, J.C. / Krucinski, J. / Miercke, L.J. / Finer-Moore, J.S. / Tang, A.H. / Leavitt, A.D. / Stroud, R.M.
履歴
登録2000年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3146
ポリマ－52,8542
非ポリマー2,4604
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
2
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,88136
ポリマ－317,12412
非ポリマー14,75724
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,x-y+1,-z1
Buried area56640 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area111640 Å2
手法PISA
3
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,88136
ポリマ－317,12412
非ポリマー14,75724
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area41670 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area126610 Å2
手法PISA
4
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,88136
ポリマ－317,12412
非ポリマー14,75724
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_664-y+1,-x+1,-z-11
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-11
crystal symmetry operation6_564x,x-y+1,-z-11
Buried area33020 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area135260 Å2
手法PISA
5
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,88136
ポリマ－317,12412
非ポリマー14,75724
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area34110 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area134170 Å2
手法PISA
6
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,94118
ポリマ－158,5626
非ポリマー7,37912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area14500 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area69640 Å2
手法PISA
7
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,62712
ポリマ－105,7084
非ポリマー4,9198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,x-y+1,-z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area43200 Å2
手法PISA
8
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,62712
ポリマ－105,7084
非ポリマー4,9198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
9
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,62712
ポリマ－105,7084
非ポリマー4,9198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area45910 Å2
手法PISA
10
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,62712
ポリマ－105,7084
非ポリマー4,9198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area9750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area46340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.990, 103.990, 101.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number149
Space group name H-MP312
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

CPS

21B-303-

CPS

31A-326-

HOH

41B-313-

HOH

詳細the biological unit is one homodimer, comprised of chains A and B in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 INTEGRASE


分子量: 26427.012 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE AND C-TERMINAL DOMAINS / 変異: C56S,W131D,F139D,F185K,C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585
#2: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: hepes, NaCL, CHAPS, formate, citrate, DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.2 MNa formate1reservoir
2150 mMNa citrate1reservoir
33 mMdithiothreitol1reservoir
43 mMCHAPS1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 15580 / Num. obs: 15580 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique all: 782 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 178921
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.8→28.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2275446.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: residues 50-55,142-144, and 271-288 in chain A, residues 50-54,138-149, and 271-288 in chain B, and the side chain of K211 in chain A are disordered and not included in refinement. Water 42 ...詳細: residues 50-55,142-144, and 271-288 in chain A, residues 50-54,138-149, and 271-288 in chain B, and the side chain of K211 in chain A are disordered and not included in refinement. Water 42 and CHAPS molecules 301, 302, 303 and 304 are on crystallographic 2-fold axes. Portions of CHAPS molecules 301, 302, and 304 are missing in the electron density. Residues PRO-238 in chains A and B are cis-prolines
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1154 7.4 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.26 15580 --
obs0.258 15580 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.35 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.92 Å217.54 Å20 Å2
2--6.92 Å20 Å2
3----13.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 117 79 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 185 7.2 %
Rwork0.356 2379 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3chaps_full.prxCHAPS_FULL.TPX
X-RAY DIFFRACTION4chaps_trunc.prxCHAPS_TRUNC.TPX
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.11

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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