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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ew3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR HORSE ALLERGEN EQU C 1 | ||||||
要素 | ALLERGEN EQU C 1 | ||||||
キーワード | ALLERGEN (アレルゲン) / lipocalin / beta barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Lascombe, M.B. / Gregoire, C. / Poncet, P. / Tavares, G.A. / Rosinski-Chupin, I. / Rabillon, J. / Goubran-Botros, H. / Mazie, J.C. / David, B. / Alzari, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the allergen Equ c 1. A dimeric lipocalin with restricted IgE-reactive epitopes. 著者: Lascombe, M.B. / Gregoire, C. / Poncet, P. / Tavares, G.A. / Rosinski-Chupin, I. / Rabillon, J. / Goubran-Botros, H. / Mazie, J.C. / David, B. / Alzari, P.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of the Major Horse Allergen Equ c 1 著者: Gregoire, C. / Tavares, G.A. / Lorenzo, H.K. / Dandeu, J.P. / David, B. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ew3.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ew3.ent.gz | 33.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ew3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ew3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ew3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is probably a dimer constructed from the given coordinates and a symmetry partner generated by the crystallographic two-fold axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18747.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: SUBLINGUAL SALIVARY GLAND / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95182 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X31 / 波長: 1.2 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 43339 / Num. obs: 9166 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / % possible all: 97.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.331 / Rfactor Rwork: 0.21 / Num. reflection obs: 1119 |