PDB-1evg: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI W...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1evg

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI WITH UNMODIFIED CATALYTIC CYSTEINE

要素

THYMIDYLATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / Thr167 E. coli Thymidylate Synthase with Unmodified Catalytic Cysteine

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Phan, J. / Mahdavian, E. / Nivens, M.C. / Minor, W. / Berger, S. / Spencer, H.T. / Dunlap, R.B. / Lebioda, L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Catalytic cysteine of thymidylate synthase is activated upon substrate binding.
著者: Phan, J. / Mahdavian, E. / Nivens, M.C. / Minor, W. / Berger, S. / Spencer, H.T. / Dunlap, R.B. / Lebioda, L.

履歴

登録	2000年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1evg.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1evg.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1evg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1evg_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1evg_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	1evg_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1evg_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1evg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ev5C 1ev8C 1evfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bdu-1 1bq2-1 3b9h-1 1qqq-2 1jg0-d 2ftn-1 1evf-1 1bid-1 3qj7-1 1f4c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THYMIDYLATE SYNTHASE

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THYMIDYLATE SYNTHASE

ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.973, 131.973, 131.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-374- HOH
2	1	A-379- HOH
3	1	A-388- HOH

#1: タンパク質	THYMIDYLATE SYNTHASE 分子量: 30725.924 Da / 分子数: 1 / 変異: S167T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNMODIFIED CATALYTIC CYSTEINE / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBLUESCRIPT SK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.52 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 48% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 20 mM 2-mercaptoethanol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	7-10 mg/ml	enzyme	1	drop
2	1 mM	EDTA	1	drop
3	15 mM	2-mercaptoethanol	1	drop
4	50-100 mM	potassium chloride	1	drop
5	20-50 mM	potassium phosphate	1	drop
6	48 %sat	ammonium sulfate	1	reservoir
7	20 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir
8	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→6 Å / Num. all: 24936 / Num. obs: 24936 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 7 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 25.79
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.214 / Num. unique all: 2568 / % possible all: 99.6
反射シェル	PLUS % possible obs*: 99.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
CNS	0.5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2→6 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3556497.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1141	4.8 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.212	23582	94.6 %	-
all	-	24936	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 96.21 Å² / k_sol: 0.996 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.26 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2157	0	15	86	2258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.82
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2→2.12 Å / R_factor R_free error: 0.018 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	194	5.2 %
R_work	0.218	3503	-
obs	-	-	89.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.82

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関連情報:EMDBヘッダ

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