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- PDB-1euw: ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF E. COLI DUTPASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1euw
タイトルATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF E. COLI DUTPASE
要素DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / jelly roll / mercury derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / protein homotrimerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Cedergren, E. / Larsson, G. / Persson, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Atomic resolution structure of Escherichia coli dUTPase determined ab initio.
著者: Gonzalez, A. / Larsson, G. / Persson, R. / Cedergren-Zeppezauer, E.
履歴
登録2000年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年6月4日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7164
ポリマ－16,3031
非ポリマー4143
水5,152286
1
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,14912
ポリマ－48,9083
非ポリマー1,2429
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.742, 85.742, 61.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / DUTPASE


分子量: 16302.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06968, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Thimerasol (Na ethyl Hg thiosalicylate), Bis-Tris, pH 6.2, PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mMsuccinate11
2100 mMsodium ethylmercurythiosalicylate11
33 mg/mlprotein12
410 mMBis-Tris12
51.5 %PEG800012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→47.7 Å / Num. all: 79044 / Num. obs: 79044 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 6.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Num. unique all: 12134 / % possible all: 100
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.05→47.7 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1638 3948 -Random
Rwork0.1406 ---
all0.1406 79044 --
obs0.1406 79044 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 0 15 286 1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 47.7 Å / Num. reflection obs: 58141 / σ(I): 3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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