PDB-1eu6: DIMERIC SOLUTION STRUCTURE OF THE CYCLIC OCTAMER CD(CATTCATT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eu6

タイトル

DIMERIC SOLUTION STRUCTURE OF THE CYCLIC OCTAMER CD(CATTCATT)

要素

CYCLIC OLIGONUCLEOTIDE D(CATTCATT)

キーワード

DNA / QUADRUPLEX / FOUR-STRANDED structure / UNUSUAL DNA / BI-LOOP

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / relaxation matrix, restrained molecular dynamics

データ登録者

Escaja, N. / Pedroso, E. / Rico, M. / Gonzalez, C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: Dimeric Solution Structure of Two Cyclic Octamers: Four-Stranded DNA Structures Stabilized by A:T:A:T and G:C:G:C
著者: Escaja, N. / Pedroso, E. / Rico, M. / Gonzalez, C.

履歴

登録	2000年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eu6.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eu6.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eu6_validation.pdf.gz	307.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eu6_full_validation.pdf.gz	382 KB	表示
XML形式データ	1eu6_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	1eu6_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/1eu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/1eu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eu2
類似構造データ	3g9y-d 6v1d-2 1qdp-d 6kbv-d 1i6c-d 6v1d-1 1eu2-d 2myh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 46871H assigments of the dimeric form of cyclic d(TGCTCGCT)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIC OLIGONUCLEOTIDE D(CATTCATT)

B: CYCLIC OLIGONUCLEOTIDE D(CATTCATT)

4.75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	all calculated structures submitted
代表モデル

#1: DNA鎖	CYCLIC OLIGONUCLEOTIDE D(CATTCATT) 分子量: 2376.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	ROESY
1	4	1	TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 20mM oligonucleotide concentration, 25mM buffer phosphate 溶媒系: either 100% D2O or 90% H2O 10% D2O
試料状態	イオン強度: 0.01 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.3	Bruker	collection
XEASY	1	Bartels et al.	データ解析
DYANA	1.5	P. Guntert et al.	構造決定
MARDIGRAS	4	T.L. James	構造決定
DYANA	1.5	P. Guntert et al.	精密化
Amber	4.1	D. Pearlman	精密化

精密化

手法: relaxation matrix, restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: see reference

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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